Les dispositions réglémentaires de la Caisse de pensions sont régies par un décret qui est de la compétence du Parlement jurassien. La CPJU est une caisse enregistrée au sens de la loi fédérale sur la prévoyance professionnelle, vieillesse, survivants et invalidité (LPP), dont le principe a été ancré en 1972 dans la Constitution fédérale par un vote du peuple et des cantons. Son plan d’assurance est basé sur le système de la primauté des prestations, lesquelles sont largement supérieures au minimum imposé par la LPP.
La CPJU est une caisse de pensions autonome, tant du point de vue de la gestion de son patrimoine que de celui de la réassurance des risques décès et invalidité. Elle bénéficie de la garantie de l’Etat et des employeurs affiliés.
La CPJU a adopté un système financier mixte (entre répartition pure et capitalisation intégrale). L’objectif inscrit dans le décret est de disposer à long terme d’une fortune au moins équivalente aux 90 % des engagements de la Caisse.